出雲そばの麺は一般的なそばに比べて黒っぽい色をしています。これは出雲そばに使われるそば粉が殻つきのままのそばを挽いて作られる「ひきぐるみ」というそば粉を使用しているためです(http://www.daikoku-ya.jp/contents/note/guide_111.htm)。
そば粉には色々な種類があり、そばの実をどのように挽いてそば粉を作るかによって呼び名などが変わってきます。
一般的なそば粉はそばの実から外側の硬い殻の部分を取り除き、内側の部分を臼などで挽いて粉にして作ります。
対してひきぐるみの場合は外側の硬い殻がついたままのそばの実、いわゆる玄そば、をそのまま臼などで挽いて作るのです。
そばの実の殻は黒いので、ひきぐるみは黒っぽい色のそば粉になり、通常のそば粉は白っぽいそば粉になるというわけですね。
基本的にひきぐるみのように殻も一緒に挽いたそば粉は食感がボソボソしたものになってしまうのでそば粉としての扱いが難しいのですが、その分そばの香りが強く出るようになっています。
出雲そばはこのひきぐるみを使っているそばなので香り高いそばになっているんですね。